phpMyAdmin использует быстрый метод извлечения количества строк, и этот метод в случае с таблицами InnoDB возвращает только приблизительную сумму. Смотрите $cfg['MaxExactCount'] для преобразования данных результатов, но имейте ввиду, что данное действие может негативно сказаться на производительности.