Сжатые дампы формируются в памяти, поэтому ограничены размером памяти php. Для экспорта GZip/BZip2 эта проблема может быть решена, начиная с версии 2.5.4 с помощью использования $cfg['CompressOnFly'] (разрешено по умолчанию). Проблема с Zip экспортом не может быть решена таким методом, и если необходимы дампы больших размеров в Zip-формате, необходимо использовать другой способ.